A região teve sua primeira exploração, em 1952, com a chegada dos colonizadores: José Pereira do Nascimento, curandeiro espírita; Lozorik Belém e Ovídio Martins de Souza, que ali adquiriram uma extensa área de terras, de grande fertilidade, dedicando-se à lavoura e criação de gado.
Um dos fatores que despertou a formação do povoado foi o curandeirismo, implantado por um dos pioneiros, que atraiu numerosas pessoas vindas em busca de cura para seus males físicos e espirituais. Construíram-se as primeiras casas de adobe e pau-apique, em lugar dos ranchos primitivos, nas margens do ribeirão São Miguel, denominando-se o povoado nascente de São Miguel.
Tempos depois, o Governo Estadual determinou a medição e divisão das terras adjacentes ao povoado, que, em lotes iguais, foram adquiridos por fazendeiros do sul do Estado de Minas Gerais. Esse sistema resultou em aumento expressivo da produção agrícola, promovendo o acelerado desenvolvimento da região. Em 14 de novembro de 1958, pela Lei Estadual nº 2137, passou-se diretamente a município com a denominação de São Miguel do Araguaia, em homenagem ao Santo Padroeiro e ao rio pelo qual é banhado. Sua instalação deu-se em 6 de janeiro de 1959.
O maior impulso ao município foi dado no período de 1960 a 1963, quando milhares de colonos, das mais distantes regiões do país, chegaram para desbravar as matas, formando extensas lavouras e pastagens, incrementando, sobretudo, a pecuária, suporte econômico do município.
Gentílico: São-miguelense
Formação Administrativa
Elevado à categoria de município com a denominação de São Miguel do Araguaia, pela lei estadual nº 2137, de 14-11-1958, desmembrado de Porangatu. Sede no atual distrito de São Miguel do Araguaia ex-povoado. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-011959. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Pela lei estadual nº 8111, de 14-05-1976 é criado o distrito de Novo Planalto e anexado ao município de São Miguel do Araguaia. Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 2 distritos: São Miguel do Araguaia e Novo Planalto.
Pela lei estadual nº 10415, de 01-01-1988, desmembra do município de São Miguel do Araguaia o distrito de Novo Planalto. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2003, município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.