O povoado de São Francisco das Chagas, situado às margens do córrego Raposa, em terras de Francisco Chagas de Assis, surgiu por volta de 1740, pouco depois da fundação de Jaraguá.
O fundador, de caráter fortemente religioso, construiu em sua própria fazenda uma capela de palha em louvor a São Francisco, onde periodicamente rezava o terço em companhia dos lavradores vizinhos, dando origem ao povoamento, cuja economia se firmava na agricultura.
Na divisão administrativa de 1911, o povoado de São Francisco aparece como distrito, integrando o Município de Jaraguá, constando a denominação de Chagas na divisão para o quinquênio 1944/1948. Em 8 de setembro de 1953, pela Lei Estadual nº 768, o distrito foi elevado a município, passando a denominar-se São Francisco de Goiás, instalado em 1º de janeiro de 1954.
Gentílico: Franciscano
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de São Francisco das Chagas ex-povoado, pela lei provincial nº 781, de 18-11-1886, no município de Jaraguá. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, figura no município de Jaraguá o distrito de São Francisco das Chagas. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII1937. Pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 31-12-1943, o distrito de São Francisco das Chagas passou a denominar-se Chagas. Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Chagas permanece no município de Jaraguá.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Francisco de Goiás, pela lei estadual nº 768, de 08-09-1953, desmembrado de Jaraguá. Sede no atual distrito de São Francisco de Goiás ex-Chagas. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-I-1979.
Pela lei estadual nº 9181, de 14-05-1982, é criado o distrito de Jesúpolis e anexado ao município de são Francisco de Goiás. Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 2 distritos: São Francisco de Goiás e Jesúpolis. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela lei estadual nº 11401, de 16-01-1991, desmembra do município de São Francisco de Goiás o distrito de Jesúpolis. Elevado á categoria de município. Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de de 2007.
Alteração Toponímica Distrital
São Francisco das Chagas para Chagas alterado, pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 3112-1943. Chagas para São Francisco das Chagas alterado, pela lei estadual nº 768, de 08-11-1953.