Pires do Rio tem suas peculiaridades até quanto à sua fundação. Existe uma polêmica quanto à pessoa do fundador do município. Alguns pensam que é o engenheiro Balduíno Ernesto de Almeida, outros, o coronel Lino Teixeira de Sampaio. O motivo da discórdia é um obelisco situado, hoje, na Praça do Mercado Municipal que diz que o eng. Balduíno fundou o município em 9 de novembro de 1922. Quem o apóia diz que ele idealizou a instalação de uma Estação Ferroviária do outro lado do Rio Corumbá, pois a construção da Ponte Epitácio Pessoa deu possibilidade para que a ferrovia continuasse seu trajeto. No dia da fundação, a já citada ponte e a Estação Ferroviária de Pires do Rio foram inauguradas. No mesmo dia, o eng. Balduíno falou em seu discurso que estava fundada pois a cidade de Pires do Rio. O nome, primeiro da estação e depois do arraial, é uma homenagem ao então ministro da Aviação, José Pires do Rio. Ele esteve em Goiás no dia 25 de agosto de 1921 para inspecionar as obras de construção da Ponte Epitácio Pessoa.
Ainda segundo a corrente da cidade que defende o eng. Balduíno, o povoado que começou a surgir em torno da estação foi projetado por Álvaro Sérgio Pacca, desenhista chefe da Estrada de Ferro Goiás, a quem o eng. Balduíno teria dito que ele veria o que seria a cidade dali 20 anos. A outra linha que existe em Pires do Rio defende que o cel. Lino é o verdadeiro fundador do município. Os mesmos afirmam que a estação ferroviária está localizada onde eram as terras de propriedade do coronel. Ele era de uma tradicional família de Santa Cruz, fazendeiro e político. Na região, era reconhecido como um homem simpático e de vasto currículo de amizades.
Além disso, era extremamente bem informado, já que era assinante do jornal O Estado de S. Paulo. Os que o apóiam como fundador dizem que o cel. Lino teve a perspicácia de enxergar o quão importante a presença dos trilhos em sua propriedade. A doação do terreno foi feita sob a condição de que ele fosse dividido em pequenos lotes para a edificação de uma pequena cidade. O dinheiro do arrendamento dos lotes deveria ser utilizado para que a infra-estrutura da cidade fosse incrementada e que se construíssem um grupo escolar. Esse fato é único na história de Goiás e quiçá do Brasil.
Quem acredita que o cel. Lino é o fundador afirma que o eng. Balduíno mandou que seus funcionários erguessem, sem nenhuma ata ou ato oficial, o obelisco. Além disso, dizem que a planta feita pela Estrada de Ferro não foi executada. O cel. Lino haveria solicitado ao topógrafo da Estrada de Ferro, Moacir de Camargo, outra planta que melhor se adaptasse à topografia local. Pires do Rio ficaria sendo então a primeira cidade do Centro-Oeste a nascer com planejamento prévio, antes de Goiânia ou Brasília.
Gentílico: Piresino
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Pires do Rio, pela lei municipal nº 66, de 2308-1924, subordinado ao município de Santa Cruz. Elevado à categoria de município com a denominação de Pires do Rio, pela lei estadual nº 9, de 07-07-1930, desmembrado de Santa Cruz. Sede no atual distrito de Pires do Rio ex-povoado. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-09-1930.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 2 distritos: Pires do Rio e Cristianópolis, Pelo decreto-lei nº 5200, de 08-12-1934, Pires do Rio é rebaixado a categoria de distrito, passando a ser a distrito do município de Santa Cruz.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, Pires do Rio, figura como distrito de Santa Cruz. Pelo decreto-lei nº 557, de 03-03-1938, Pires Rio passa a categoria de município, sendo Santa Cruz rebaixado a categoria de distrito mudança de sede.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município já denominado Pires do Rio aparece constituído de 3 distritos: Pires do Rio, Santa Cruz e Cristianópolis. Pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 31-12-1943, o distrito de Santa Cruz Passou a denominar-se Corumbalina.
Pelo Ato das Disposições Constitucionais Transitórias de 20-07-1947, artigo 61, desmembra do município de Pires do Rio, o distrito de Corumbalina. Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Cruz de Goiás.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Pires do Rio e Cristianópolis. Pela lei municipal nº 221, de 15-07-1953, é criado o distrito de Palmelo ex-povoado e anexado ao município de Pires do Rio.
Pela lei estadual nº 739, de 23-06-1953, desmembra do município de Pires do Rio, o distrito de Cristianópolis. Elevado à categoria de município. Pela lei estadual nº 908, de 13-11-1953, desmembra do município de Pires do Rio o distrito de Palmelo. Elevado à categoria de município. Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.