O povoado de Boa Vista de Marzagão surgiu no início do século XX, em terras pertencentes à fazenda Boa Vista de Marzagão, situada no Município de Caldas Novas. Devido à sua posição, às margens da rodovia que, passando por Corumbaíba, liga o Estado de Goiás ao de Minas Gerais, o povoado desenvolveu-se rapidamente.
Assim, a 13 de novembro de 1916, graças aos esforços de José Rabelo da Silva e João da Silva Leão, foi, pela Lei Municipal nº 44, elevado à categoria de Distrito de Caldas Novas.
Gentílico: Marzagonense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Boa Vista do Marzagão, pela lei municipal nº 44, de 13-11-1916, subordinado ao município de Caldas Novas. Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1836 e 31-XII-1937, o distrito de Boa Vista do Marzagão, figura no município de Caldas Novas.
Pelo decreto-lei estadual nº 557, de 30-03-1938, o distrito de Boa Vista do Marzagão teve seu nome simplificado para Marzagão. No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Marzagão, figura no município de Caldas Novas.
Elevado à categoria de município com a denominação de Marzagão, pela lei estadual nº 336, de 18-06-1949, criado também pela lei estadual nº 954, de 13-11-1953, complementada pela lei estadual nº1.274, de 14-11-1953, está mesma lei Mazagão adquiriudo município de Caldas Novas o distrito de Água Limpa, desmembrado de Caldas Novas. Sede no antigo distrito de Marzagão. Constituído de 2 distrito: Mazagão e Água Limpa. Instalado em 01-01-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de dois distritos Marzagão e Água Limpa. Pela lei estadual nº 2.012, de 11-11-1958, desmembra do município de Marzagão odistrito de Água Limpa. Elevado à categoria de município. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007. Alteração toponímica distrital Boa Vista do Marzagão para Marzagão alterado, pelo decreto-lei estadual nº 557, de 30-031938.