O município de Lagoa Santa surgiu entre os anos de 1880 e 1890, segundo moradores locais. Sua história encontra-se vinculada aos desbravadores sertanistas que penetraram na região em busca de terras férteis. Vergílio Ferraz, fazendeiro de Minas Gerais na época e hoje considerado um dos pioneiros, resolveu sair para caçar com dois nativos da região, e viajando através das águas chegou nas margens do Córrego Fundo, hoje denominada Fazenda Córrego Fundo e Fazenda Sossego.
Chegando em um determinado local, os companheiros de Vergílio encontraram uma lagoa de águas quentes, límpidas e com grande variedade de peixes. Resolveram banhar-se na lagoa, sentiram sinais de melhoras em seus corpos e descobriram o poder medicinal das águas. Daí a origem do nome do município, Lagoa Santa. Decorridos alguns dias, Vergílio mandou buscar sua esposa, Luisinha, e seus cinco filhos, que passaram a residir na região, no local chamado Imóvel Jaborandi,hoje Fazenda Caçula. Os descendentes de Vergílio e da família Moraes construíram uma simples pensão no campo para abrigar os visitantes de todo o país, que se acomodavam de 20 a 30 dias em busca das propriedades curativas da lagoa, surgindo aí o primeiro comércio do povoado.
Gentílico: Lagosentense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Termas de Itajá, pela lei 10446, de 14-011988, subordinado ao município de Itajá. Em divisão territorial datada de 01-VI-1995, o distrito figura no município de Itajá.
Elevado à categoria de município com a denominação de Lagoa Santa, pela lei estadual nº 13134, de 21-07-1997, alterada em seus limites pela lei estadual nº 13241, de 28-12-1998, desmembrado de Itajá. Sede no atual distrito Lagoa Santa ex-Termas de Itajá. Constituído do distrito sede,. Instalado em 01-01-2001.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alteração Toponímica Distrital
Termas de Itajá para Lagoa Santa alterado, pela lei estadual nº 13134, de 21-07-1998, alterada em seus limites pela lei estadual nº 13242, de 28-12-1998.
No Censo de 2007, foram recenseados 1225 habitantes, sendo 602 homens e 623 mulheres; deste total, 852 habitantes residem na zona urbana e 373 moram na zona rural. Do total de 852 habitantes moradores na zona urbana, 414 são homens e 438 são mulheres. Do total de 373 moradores na zona rural, 188 são homens e 185 são mulheres. O município possui uma área de 468,7 Km quadrados e pertence a Mesorregião Sul Goiano e Microrregião de Quirinópolis.
O município comemora seu aniversário 21 de julho.