Conta-se que o município de Jaupaci teve suas origens nas garimpagens de diamantes, quando em 1948 formou-se no local um acampamento de garimpeiros às margens do Rio Claro. E que em 1951, mudou-se para lá várias famílias, como a do Sr. João Paraíba ou simplesmente “o paraibano”, atraídas pelo precioso minério, que acabaram fixando residência no local povoando cada vez mais a região.
O primeiro nome dado à localidade foi Monchão do Pacu, devido a área de garimpo ter este peixe em abundância. Tendo sido conhecido também como Jaú e Cipó.
Vindo a tornar-se autônomo, politicamente, em 14/11/1958 quando foi elevado à categoria de município, por força da Lei Estadual nº 2.111, com o nome de Jaupaci, nome dado em razão da união dos três travessões existentes no Rio Claro, quais são; Jaú, Pacu e Cipó. Desmembrando-se do município de Iporá. Sua instalação se deu em 01/01/1959, em sessão solene realizada no prédio destinado à Prefeitura Municipal, presidida pelo então presidente da Câmara Municipal de Iporá, o Sr. Artur da Costa Barros. Passando a constituir-se Termo da Comarca de Iporá.
Hoje o município é Termo da Comarca de Israelândia. Dá-se aos naturais do município o nome de “jaupaciense”. Em divisão territorial datada de 01/07/1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Gentílico: Jaupacino