O povoamento da região iniciou-se na fazenda Água Limpa, depois da doação de parte das terras (5 e 10 alqueires respectivamente) a Santa Luzia, em 1927, por Bernardino Vivaldo dos Santos e Francisco José de Moura.
Em 1929, em cumprimento de promessa a Nossa Senhora da Abadia e Santa Luzia, feita pelos doadores, para livrar suas fazendas do saque na passagem dos revoltosos, foi construída uma capela. A partir de sua inauguração foram surgindo várias construções em sua volta, formando-se o povoado que recebeu o nome de Água Limpa, da fazenda que lhe deu origem.
Graças aos esforços de Daniel Gomes, o povoado foi elevado a distrito, em 4 de janeiro de 1935, pelo Decreto-Lei nº 113, pertencente a Mataúna (Palmeiras de Goiás), dando-se sua instalação no dia 6 de março do mesmo ano.
A partir de 1936, com a construção da rodovia Goiânia-Rio Verde, passando por Água Limpa, o distrito recebeu forte impulso de progresso. E, em 31 de dezembro de 1943, pelo Decreto-Lei Estadual nº 8305, passou a denominar-se Jandaia.
Gentílico: Jandaiense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Jandaia, pelo decreto nº 113, de 04-01-1935 e anexado ao município de Palmeiras. Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o distrito de Água Limpa, figura no município de Palmeiras
Pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 31-12-1943, o distrito de Água Limpa passou a denominar-se Jandaia e o município de Palmeiras a denominar-se Mataúna.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Jandaia figura no município de Mataúna. Pelo Artigo 65 do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias de 20-VII-1947, o município de Mataúna passou a denominar-se Palmeira de Goiás. Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Jandaia permanece no município de palmeira de Goiás.
Elevado à categoria de município com a denominação de Jandaia, pela lei estadual nº 791, de 05-10-1953, desmembrado de Palmeira de Goiás. Sede no antigo distrito de Jandaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alteração toponímica distrital
Água Limpa para Jandaia alterado, pelo decreto-lei estadual nº 31-12-1943.