Cezarina surgiu em 1960, com a construção da BR-060. Nessa época, o fazendeiro João Argemiro Cezar resolveu lotear suas terras, onde hoje está o centro da cidade. Contratou o agrimensor Agil José da Rocha para fazer o serviço de demarcação, fizeram um acordo que seu pagamento seria uma área de terra. Agil José construiu um posto de gasolina à margem da rodovia, que se tornou a primeira edificação do povoado. Anos depois, outro fazendeiro, Orlando Ferreira de Oliveira, também loteou parte de sua fazenda. Com isso, o povoado foi se formando, atraindo famílias de vários lugares. O lugar passou a se chamar Cezarina devido ao seu fundador.
A emancipação política do município ocorreu no dia 15 de novembro de 1988, quando foi realizada a primeira eleição. O padroeiro, São Cristóvão, é mantido desde os tempos de povoado e o Rio dos Bois é um dos mais antigos que também ajudou na formação do município.
Gentílico: Cezarinense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Cezarina ex-povoado, pela lei estadual nº 8105, de 14-05-1976, subordinado município de Palmeira de Goiás. Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o distrito figura no município de Palmeiras de Goiás. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Elevado à categoria de município com a denominação de Cezarina, pela lei estadual nº 10413, de 01-01-1988, desmembrado de Palmeiras de Goiás e Indiara. Sede no antigo distrito de Cezarina. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.