A região era primitivamente habitada pelos índios Caiapós, nos fins do século XVIII, quando foi devassada por grandes levas de mineiros, equipados com escravos e rebanhos bovinos e equinos.
Nessa época deu-se a fundação de vários povoados, entre eles o de Torres do Rio Bonito, por membros das famílias Vilela, Goulart, Cardoso, Faria e Leite.
Com a inauguração da primeira igreja, em louvor ao Divino Espírito Santo, em 1845, surgiram as primeiras edificações; e em 1850 o povoado já apresentava expressivo desenvolvimento.
Diante dessa evolução, o povoado passou à categoria de distrito, em 5 de novembro de 1855, pela Resolução Provincial nº 1, ficando pertencendo a Rio Verde.
A emancipação de Torres do Rio Bonito deu-se em 29 de julho de 1873, pela Resolução Provincial nº 508, dando-se a instalação oficial do município em 7 de janeiro de 1874.
Na divisão administrativa de 1911, o município aparece com o nome de ?Rio Bonito?, topônimo alterado definitivamente pelo Decreto-Lei nº 8305, de 31 de dezembrode 1943, para Caiaponia, lembrado os primitivos habitantes da região dos Caiapos.
Gentílico: Caiaponiense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Torres do Rio Bonito, pela lei ou resolução provincial nº 1, de 05-11-1855, subordinado ao município de Rio Verde.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Torres do Rio Bonito, pela lei ou resolução provincial nº 508, de 29-07-1873, desmembrado de Rio Verde. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-01-1874.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município já denominado Rio Bonito é constituído do distrito sede.
Pelo decreto nº 4, de 13-12-1930, é criado o distrito de Baliza e anexado ao município de Rio Bonito.
Em divisão administrativa referente ao de 1933, o município aparece com 3 distritos: Rio Bonito, Bom Jardim e Baliza.
Pela lei estadual nº 91, de 27-10-1936, alterado em seus limites pelo decreto-lei nº 5911 de 11-07-1942, desmembra do município de Rio Bonito os distritos de Baliza e Bom Jardim, para formar o novo município de Baliza.
Pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 31-10-1943, o município de Rio Bonito passou a denominar-se Caiapônia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município já denominado Caiapônia é constituído do distrito sede.
Pela lei municipal nº 87, 11-11-1952, é criado o distrito de Piranhas e anexado ao município de Caiapônia.
Pela lei estadual nº 812, de 14-10-1953, desmembra do município de Caiapônia o distrito de Piranhas. Elevado à categoria de município. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela lei estadual nº 7188, de 12-11-1968, é criado o distrito de Palestina e anexado ao município de Caiapônia.
Pela lei estadual nº 7215, de 13-11-1968, é criado o distrito de Doverlândia e anexado ao município de Caiapônia.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Caiapônia, Doverlândia e Palestina.
Pela lei estadual nº 9.196, de 14-05-1982, desmembra do município de Caiapônia o distrito de Doverlândia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 18-VIII-1988, o município é constituído de 2 distritos: Caiapônia e Palestina.
Pela lei estadual nº 10404, de 30-12-1987, desmembra do município de Caiapônia o distrito de Palestina. Elevado à categoria de município com a denominação de Palestina de Goiás.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alterações toponímicas municipais
Torres do Rio Bonito para Rio Bonito alterado, em 1911. Rio Bonito para Caiapônia alterado, pelo decreto-lei estadual nº 8.305, de 31-10-1943.
O município possui uma área de 8353,2 Km quadrados e pertence a Mesorregião Sul Goiano e Microrregião do Sudoeste de Goiás.
Sua sede tem as seguintes coordenadas geográficas 51,855° de Longitude e 16,957° de Latitude.
O município faz aniversário em 29 de julho.