Bonópolis começou a se formar no final dos anos 60, com a chegada de madeireiros à região. Eles faziam a extração da goiavira, árvore nativa, abundante na época, hoje praticamente extinta. A madeira da goiavira era utilizada para a fabricação de móveis. O fazendeiro Abrão Lopes cedeu terras às famílias que se instalaram na região.
A cultura do arroz era uma das preferidas pelos agricultores que viviam no povoado, o qual pertencia ao município de Porangatu. Em 1988, o local passou a ser distrito e, em 1995, o município de Bonópolis ganhou a emancipação.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Bonópolis, pela lei estadual nº 10430, de 08-01-1988, subordinado ao município de Porangatu.
Em divisão territorial datada de 17-I-1991, o distrito figura no município de Porangatu. Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VI-1995.
Elevado à categoria de município com a denominação de Bonópolis, com área do extinto distrito de Cruzeiro do Sul, pela lei estadual nº 12800, de 27-12-1995, desmembrado de Porangatu. Sede no antigo distrito de Bonópolis. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1997.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.