A região foi penetrada pela primeira vez, nos meados do século XIX, pelo bandeirante Manoel Perdigão, quando foi descoberto ouro, por um de seus escravos, no local denominado ?Buriti?, à margem direita do Ribeirão Macacos.
Em 1912, fixou-se na região a família Felizardo, formando a fazenda Bom Jardim, nome decorrente da beleza dos campos, do ribeirão próximo, em cujas terras originou-se a povoação.
Em 1914, visando defender-se dos ataques dos índios Bororós que ali viviam, a família fundadora construiu uma capela de pau-a-pique, consagrada a São João, livrandose, pela fé, da perseguição selvagem. Nesse mesmo ano D. Ana Rufino de faria, da referida família, doou parte das terras da fazenda a São João Batista para a construção do patrimônio.
Para o desenvolvimento do povoado de Bom Jardim, os fundadores contaram com a valiosa cooperação de Manoel Cordeiro de Faria, profundo conhecedor dos costumes indígenas e com Joaquim Carlos de Almeida Garcia, mais tarde escrivão, procurador e conselheiro, conceituado com o patriarca da cidade.
Em 1924, Bom Jardim foi elevado à distrito do Município de Rio Bonito, atual Caiapônia, passando a pertencer a Baliza a partir de 1928.
Pelo Decreto-Lei nº 8305, de 31 de dezembro de 1943, o distrito passou a denominar-se Ibotim, de origem desconhecida.
Sua autonomia municipal foi concedida pela Lei Estadual nº A-17, de 18 de agosto de 1953, com o novo topônimo de Bom Jardim de Goiás, lembrando a fazenda e o ribeirão de onde originou-se e distinguindo-se de topônimos idênticos.
Gentílico: Bonjardinense
Formação Administrativa
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, figura no município de Rio Bonito o distrito de Bom Jardim.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito permanece no município de Rio Bonito.
Pelo decreto-lei estadual nº 91, de 27/10/1936, alterado em seus limites, Pelo decreto-lei estadual nº 5.911, de 11/07/1942, o distrito de Bom Jardim deixa de pertencer ao município de Rio Bonito para ser anexado ao novo município de Baliza.
Pelo decreto-lei estadual nº 8305, de 31/12/1943, o distrito de Bom Jardim passou a denominar-se Ibotim.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Ibotim figura no município de Baliza. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 01/07/1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Bom Jardim de Goiás, pela lei estadual nº 813, de 14/10/1953, desmembrado de Baliza. Sede no atual distrito de Bom Jardim de Goiás ex-Bom Jardim. Constituído do distrito Sede. Instalado em 01/01/1954.
Em divisão territorial datada de 01/07/1960, o município é constituído do distrito sede, Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alteração Toponímica Distrital
Bom Jardim para Ibotim alterado, pelo decreto-lei estadual nº 8.305, de 31/12/1943. Ibotim para Bom Jardim de Goiás, alterado, pela lei estadual nº 813, de 14/10/1953.