A origem da colonização deu-se na Fazenda Barro Alto, por volta de 1949, onde os desbravadores foram atraídos pela alta fertilidade e baixo preço das terras, dedicando-se a sua exploração econômica.
Os irmãos Jerônimo, José e Manoel Rabelo da Silva, ali residentes desde 1940, foram os fundadores da localidade, destacando-se o farmacêutico Ernesto, com a primeira assistência dentária à população regional; e o baiano Isaias, com a primeira casa comercial.
Tendo moradas rústicas, de parede de barro e de madeira, cobertas de telhas comuns, o povoado nascente recebeu a denominação de Barro Alto, originário da fazenda onde se formou, região alta que se fez conhecida pelo barro, viscoso e abundante em seu solo.
A ligação rodoviária com Goianésia, em 1951, e a construção da Capela de Nossa Senhora d Abadia em 1956, proporcionaram o surgimento das primeiras indústrias e numerosas casas residenciais em volta do templo.
O lugarejo tornou-se distrito em 1958, porém, não se efetivou a instalação.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Barro Alto, pela lei municipal nº 145, de 22-10-1958, subordinado ao município de Pirenópolis.
Elevado à categoria de município com a denominação de Barro Alto, pela lei estadual nº 2139, de 14-11-1958, desmembrado de Pirenópolis. Sede no atual distrito de Barro Alto ex-Povoado. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1959.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.