O início do município de Aragarças data-se de 1872 quando veio de Araguaiana, Estado do Mato Grosso, um grupo de garimpeiros. Dando origem ao povoado de Deixado.
No dia 04 de setembro de 1891 foi celebrado uma missa solene e designado o local onde seria construído o Presídio da Macedina, que se tratava de um destacamento militar com a finalidade proteger os moradores contra os ataques dos índios, apoiar os soldados que participaram da Guerra do Paraguai e promover a colonização da região.
O movimento de viajantes que subiam o Rio Araguaia, em várias embarcações, era intenso em busca da Baliza, cidade localizada à margem do Araguaia. Neste percurso encontravam os ricos garimpos que praticavam a cata de diamantes enriquecedores. Vindo então para o local várias famílias.
Estava iniciada a vila que chamaram de Barra Goiana, na confluência do Rio Garças com o Rio Araguaia. Sendo que ao lado esquerdo do Araguaia também se iniciou uma vila que chamaram de Barra Cuiabana. Construiu-se também uma igrejinha de barrotes, coberta de palhas, em homenagem ao Senhor Bom Jesus da Lapa, que se tornou o Padroeiro da vila. Pois a maioria dos habitantes era originária da Bahia.
Em 14 de agosto de 1943 chegou à Barra Goiana a Expedição Roncador-Xingu, mais tarde transformada em Fundação Brasil Central. Veio com a incumbência de instalar sua base de ação à margem direita do Araguaia, em frente ao Pontal do Rio Garças.
Pela localização junto aos dois rios, Araguaia e Garças, designou-se ao povoado de Barra Goiana, o nome de Aragarças, por derivação do nome dos rios. Pelo rápido crescimento de Aragarças, Baliza concedeu-lhe o título de Vila de Aragarças pela Lei nº 5 de 05 de novembro de 1951. Pela Lei Estadual nº 788 de 02 de outubro de 1953 Aragarças foi elevada a categoria de município, tendo sido instalado em 01/01/1954. O município é sede de Comarca.
Gentílico: Aragarcense